Органите на управление на Национална компания "Железопътна инфраструктура", съгласно Закона за железопътния транспорт са Министърът на транспорта, информационните технологии и съобщения, Управителен съвет и Генерален директор.

НКЖИ се управлява от управителен съвет и се ръководи и представлява от генерален директор.

Управителен съвет: 

Христо Владимиров Алексиев - Председател

Иван Василев Марков - Заместник-председател

Красимир Христов Папукчийски - Генерален директор